viernes, 10 de diciembre de 2010

[GeoSTA] Semivariogramas teóricos con R

Empezando a aprender conceptos básicos de geoestadística, estoy lidiando con algunos de ellos duros inicialmente, pero interesantes e importantes para entender bien la modelización espacio-temporal. Así que en estas tareas, creo que he asimilado el concepto de variograma y semivariograma (pronto publicare unos pequeños apuntes sobre conceptos básicos); y he tenido que realizar un resumen de los principales modelos teóricos de semivariogramas. La cuestión es que me apetecía hacer unas gráficas básicas sobre los modelos teóricos y en primer lugar pense en hacerlos con power point, pero luego, pense que mejor los hacía con R, y así de camino aprendía algo más.
Para ello he utilizado el paquete geoR sobre geoestadística y he conseguido representar mediante una simulación tres modelos teóricos del semivariograma: exponencial, gausiano y esférico). A continuación os dejo la gráfica que he producido y el código que he utilizado para ello.

La figura muestra la semivarianza (eje y) frente a la distancia (eje x). En el siguiente código se explica como se ha realizado tal gráfico:
plot(0:2, 0:2, type="n",axes=F, xlab="|h|", ylab=expression(gamma(h)), font.lab=2)
axis(1, at=c(0,6), labels=F)
axis(2, at=c(-.5,6), labels=F, pos=0)
lines.variomodel(cov.m="sph", cov.p =c(1, .8), nug=.06, max.dist=3, lty=1, scaled=T, col="black", lwd=2)
lines.variomodel(cov.m="exp", cov.p =c(1, .8), nug=.06, max.dist=3, lty=1, scaled=T, col="red", lwd=2)
lines.variomodel(cov.m="gau", cov.p =c(1, .8), nug=.06, max.dist=3, lty=1, scaled=T, col="blue", lwd=2)
legend("top",
expression(list("Esférico"),list("Exponencial"), list("Gaussiano")),
lty=c(1,1,1), lwd=c(2,2,2), col=c("black","red","blue"))
Los parámetros mas importantes de lines.variomodel son:
  • cov.m que nos indica el modelo teórico, como por ejemplo: esférico ("sph"), exponencial ("exp"), gaussiano ("gau"), etc.
  • cov.p nos indica los parámetros meseta o sill y el rango
  • nug nos permite especificar el efecto "pepita" (nugget) (vamos, la separación que observarmos en el eje de ordenadas respecto del origen)
Pues nada mas por ahora, pronto vendrán los apuntes de los conceptos básicos en geoestadística.

jueves, 9 de diciembre de 2010

Escribir código R en tu blog... y que quede bonico.

Pues sí, mucha gente utiliza R para llevar a cabo sus análisis, y casi todos coinciden en la potencialidad de esta herramienta. Son muchos los investigadores que lo han incorporado como una herramienta diaria en su trabajo, y otros muchos, los que además de hacer increíbles cosas en R, lo publican en sus websites o en sus blogs (ej.: L. Cayuela, B. Benito, por citar gente cercana).
Como neo-neofito en esto de R, me ha sorprendido una simple aplicación que te permite poner bonico el código que publicas en tu blog, es decir, realizas tu script para explicar cualquier análisis y luego lo publicas en tu blog, y además, queda bonito. Pues si, es posible. Esta herramienta se llama Pretty R y transforma tu código R en código html que puedes fácilmente publicar en tu blog.
Así que ya tenemos otra excusa menos para seguir poniendo a disposición de la sociedad nuestros avances y las metodologías utilizadas para conseguirlos.
Baste un ejemplo tonto:
Imaginemos que tenemos que realizar un análisis cluster, lo hacemos con R, y queremos publicar nuestro código. La diferencia entre usar o no esta herramienta la podemos ver a continuación:

A. Código si usar Pretty R:
data <- read.table("datos_variables.txt", header=T)
d1 <- dis(data, method="euclidean")
cluster1 <- hclust(d, method = "complete")

B. Código usando Pretty R:

data <- read.table("datos_variables.txt", header=T)
d1 <- dis(data, method="euclidean")
cluster1 <- hclust(d, method = "complete")


Pues nada, juzguen y decidan.

miércoles, 27 de octubre de 2010

Aplicaciones de la web 2.0 a la docencia y a la investigación

Recuperando material del curso que impartimos, el Sr. F.J. Bonet y un servidor sobre aplicaciones de la web 2.0 en la investigación y en la docencia.

En el siguiente enlace se puede encontrar la presentación que realizamos.


lunes, 25 de octubre de 2010

Escribir, escribir, y luego ... Escribir

ResearchBlogging.org
Es conocido la importancia que tiene escribir manuscritos científicos en el mundo científico, mas que importante es vital. Para los que somos noveles el proceso es costoso, muy costoso, no mas por la dificultad en si, que por el tiempo que dedicamos a ello (que no dedicamos) y por la falta de cotidianidad.

En un reciente artículo, publicado por Kendall Powell en la prestigiosa revista Nature, se exponen algunas historias sobre publicación de artículos científicos y se dan ánimos y consejos para vencer el miedo y sobrellevar el tedioso proceso de la escritura científica. Una de las cosas mas interesantes son los consejos para una escritura eficaz, que literalmente dicen:
  • You are only as good as your last paper — previous success does not guarantee future acceptance.
  • You've got to hook the editor with the abstract.
  • Don't delete those files. Keep every version. You never know what aspect you can use for some other piece of writing.
  • Writing is an amazingly long learning curve. Many authors say that they're still getting better as a writer after several decades.
  • The most significant work is improved by subtraction. Keeping the clutter away allows a central message to be communicated with a broader impact.
  • Write every day if possible.
  • Once you've written what you wanted to convey, end it there.
Me gustan estos consejos, sobre todo el penúltimo: Escribir todos los días. A ver si es verdad y me hago la rutina para cada día dedicar un poco de tiempo a esta tarea tan importante.

Referencias Bibliográficas
Powell, K. (2010). Publications: Publish like a pro Nature, 467 (7317), 873-875 DOI: 10.1038/nj7317-873a

Áreas protegidas y ciencia 2.0


Un buen ejemplo de combinación de herramientas de la web 2.0 y la conservación de los recursos naturales. La UNEP (United Nations Environment Programme) junto con la UICN (International Union for Conservation of Nature) y otras iniciativas internacionales, acaban de lanzar una aplicación llamada Protected Planet, donde se puede ver las áreas protegidas del mundo. Hasta aquí todo normal (bueno están a disposición del público estás áreas protegidas), pero lo más interesante desde mi punto de vista, es que añaden la posibilidad de incorporar fotos subidas a través de aplicaciones de la web 2.0 (concretamente Flickr y Panoramio). De esta forma han creado un "wikimundo" (cita literal) en el que los usuarios pueden subir fotos a los espacios naturales así como otro tipo de información. Todo ello se presenta en un mapa, mas o menos dinámico, con algunas posibilidades de interacción por parte de los usuarios.


Sin duda, una interesante aplicación de divulgación que creo que encaja en la llamada ciencia 2.0. Parece que vamos ganando terreno en la incorporación de la web 2.0 a la ciencia.

miércoles, 28 de julio de 2010

Un lugar especial

En Chandolin, cantón de Valais (alpes suizos), estamos a 1975 m de altura, en una conferencia internacional que trata sobre biodiversidad de alta montaña, organizada por la GMBA (Global Mountain Biodiversity Assesment). Aparte de los temas de trabajo, que son muy interesantes, sorprende el paisaje (de facto). Además el lugar imprime un singular y extraño sentimiento de tranquilidad.

Esta tarde he tenido la suerte de encontrar un sitio llamado "Bâ de Saint Jean". Según reza en un cartel indicativo es un lugar de paz y luz, que debido a su situación, y según se ha comprobado mediante estudios, beneficia al cuerpo y al espíritu. No se si es cierto, pero el tiempo de aplastante silencio nunca lo olvidaré.


miércoles, 19 de mayo de 2010

panoramic (I): Sierra Nevada.

En esto de salir al campo (poco, mucho menos de lo que me gustaría), me gusta llevarme mi camarilla e intentar reproducir de alguna forma lo que mis pupilas captan (se que es misión imposible: no hay mejor cámara de fotos que el ojo humano). En estas, desde hace algunos años vengo haciendo algunas fotos que luego monto a modo de panorámica (véase como ejemplo la foto de portada de este blog, del conjunto montañoso de Cázulas tomada desde los Tajillos de Castro). Pues ya era hora de que fuera compartiendo esto.

Así que intentaré iniciar una serie de post con diferentes panorámicas. En esta primera entrega incluyo dos imágenes: una desde el Mirador del río Dílar (vista sureste) y otra del Barranco del Espinal. Se trata de dos lugares de Sierra Nevada bastante conocidos e interesantes. De esta forma voy mejorando mi conocimiento para desarrollar mejor el trabajo dentro del Observatorio de Cambio Global de Sierra Nevada.

Acompaño estos montajes con un mapa de la localización desde donde fueron tomadas las fotos. Si alguien está interesado en las fotos se las cederé amablemente. Dicho esto, si tenéis interés en utilizarlas simplemente estaría bien citar la fuente.

Espero las disfruten.

Panorámica 1. Vista desde el Mirador del Río Dilar.
Se aprecia el Trevenque, el Veleta, el Cerro del Caballo, los Alayos, el Corazón de la Sandía

Panorámica 2. Vista del Barranco del Espinal.


Ver panoramic (I) en un mapa más grande

martes, 27 de abril de 2010

Blogs científicos: ¿no peer-review?

Recientemente hemos realizado desde el Laboratorio de Ecologia del CEAMA un curso sobre las aplicaciones de la web 2.0 en la investigación y la docencia. En uno de los módulos estuvimos debatiendo acerca de los blogs como herramientas complementarias al trabajo del investigador. En ese debate se pusieron de manifiesto algunos de los obstáculos que encuentran los blogs para su incorporación al mundo científico.

El principal obstáculo que encuentran este tipo de herramientas en su incorporación al mundo científico-académico es la propia cultura académica que aún está inclinada a valorar los medios tradicionales de publicación y que no acreditan a los científicos que comparten sus experiencias en blogs y en sitios open-access.

Otros consideran que poner el trabajo científico serio en blogs y redes sociales es como una invitación abierta para que se vandalicen los cuadernos de trabajo, o tienen miedo al robo de ideas.

Algunos no quieren utilizar y/o mantener blogs porque temen que puedan dar una imagen pobre y dañar su carrera.

La mayoría de los científicos consideran que los blogs (y otras herramientas de la web 2.0) se quedan como distracciones no atractivas de su trabajo real.

Por último, y no menos importante, algunos señalan que en los blogs científicos no se respetan los procesos de peer-review. Sin embargo, esto no es del todo cierto. Algunos autores han puesto de manifiesto que estos medios (los blogs) se presentan como un lugar donde la revisión por pares se hace más agil. Además, en este sentido, las redes de blogs científicos (ResearchBlogging, ScieneBlogs, NatureNetwork, etc) realizan un proceso de revisión de los post científicos que publican. Muchos no creen esto.

Pero estamos de suerte. Este blog ha recibido la noticia de que no ha sido aceptado para su inclusión dentro de la red de blogs científicos de NatureNetwork. Y ¿porque andamos con suerte?. Porque este hecho pone de manifiesto que el peer-review dentro de los blogs científicos existe, a pesar de lo opinan muchos científicos. Además las argumentaciones dadas a la no inclusión revelan que se ha realizado una revisión de este blog. Esto alienta a que, al menos, no se rechazen este tipo de herramientas (blogs, wikis, etc.) como medios complementarios de difusión y de discusión científicos.


Algunos Recursos bibliográficos de interés:
  • Barret, R. (2008). Science 2.0: You Say You Want a Revolution?. Howards Hughes Medical Institute Bulletin, 21 (4): 34–39.
  • Butler, D. (2005). Science in the web age: Joint efforts. Nature, 438 (7068): 548–549.
  • Cabezas-Clavijo, A.; Torres-Salinas, D. & Delgado-López-Cózar, E. (2009). Ciencia 2.0: catálogo de herramientas e implicaciones para la actividad investigadora. El Profesional de la Informacion, 18 (1): 72–79.
  • Pérez-Luque, A.J. & Bonet-García, F.J. (2010). Blogs científicos y Redes de blogs científicos. Curso Aplicaciones de la web 2.0 en la investigación y la docencia. I Edición. Granada, 19 – 21 Abril. Disponible aquí.
  • Pérez-Luque, A.J. (2009). Los blogs científicos (1).
  • Pérez-Luque, A.J.; Bonet García, F.J. & Zamora Rodríguez, R. (2009). Herramientas colaborativas para la creación de conocimiento útil para la gestión en el proyecto de Seguimiento del Cambio Global en Sierra Nevada. IX Congreso Nacional de la Asociación Española de Ecología Terrestre: La dimensión ecológica del desarrollo sostenible: Ecología, del conocimiento a la aplicación. Disponible aquí.
  • Schmidt, G. (2008). To blog or not to blog?. Nature Geoscience, 1 (4): 208.
  • Torres-Salinas, D. & Cabezas-Clavijo, A. (2008). Los blogs como nuevo medio de comunicación científica. In J.A. Frías Montoya; C. Travieso Rodríguez &, (Ed.) III Encuentro Ibérico de Docentes e Investigadores en Información y Documentación. Salamanca, 773–784.
  • Waldrop, M.M. (2008). Science 2.0. Scientific American, 298 (5): 68–73.
  • Wilkins, J.S. (2008). The roles, reasons and restrictions of science blogs. Trends in Ecology & Evolution, 23 (8): 411–413.


Pérez-Luque, A.J., & Bonet-García, F.J. (2010). Blogs científicos y Redes de blogs científicos. Curso Aplicaciones de la web 2.0 en la investigación y la docencia. I Edición. Granada, 19 – 21 Abril.

jueves, 11 de febrero de 2010

Base de datos Aves 3d

La Universidad de Harvad ha puesto en la red una iniciativa llamada Aves 3D que muestra de forma gráfica diferentes partes del esqueleto de algunas aves. Es una base da datos con huesos, pero la novedad es que es en 3d. De esta forma, buscas el ave que te interese y puedes ver partes de su esqueleto desde la posición que desees.

Con herramientas de este tipo se mejora mucho el trabajo científico, concretamente de los ornitólogos, los cuales tendrán una forma de documentación gráfica sin necesidad de que el bicho este muerto.

Verdaderamente creo que es una gozada, aunque el único fallo es que le faltan muchos pájaros, pero tiempo al tiempo.

En definitiva otra herramienta más para la ciencia 2.0