Los blogs científicos (1)

Investigando sobre ciencia 2.0, nuevas formas de divulgación y transferencia de la ciencia al publico en general he estado leyendo diferentes recursos que hablan sobre nuevas herramientas colaborativas y de comunicación en ciencia. En este post se ofrece una idea del concepto de los blogs científicos y como éstos pueden ayudarnos a la transferencia de la ciencia. Para profundizar mas en el tema consultar los recursos que se listan al final.

¿Se ha instalado la blogosfera en nuestras vidas?
Las dimensiones de la blogosfera están creciendo a pasos agigantados (según Technorati existen 133 millones de blogs desde 2002). Hay muchas personas que leen, comentan o escriben en alguna bitácora. Por ejemplo en Estados Unidos, los usuarios de Internet cada vez utilizan más la blogosfera, siendo mas común la lectura de blogs (33 % de usuarios) que la creación o comentarios en estos (11 % de usuarios).

Porcentaje de uso de Interntet y de uso de los blogs entre la población estadounidense (elaborado a partir de los datos de Jones & Fox, 2009)

En la amplitud de la blogosfera la cantidad de blogs científicos se queda diminuta. Existen diversas aproximaciones respecto del número de blogs científicos que hay, no superando las mas optimisma el número de 2000 blogs.

¿Qué son los blogs científicos?
Hay varios intentos de una definición de blogs científicos. Aunque todavía no existe una definición consensuada se presentan dos aproximaciones: una centrada en la temática y otra en los autores. Para la primera, todas aquellas bitácoras que hablan sobre temas relativos a la ciencia podrían considerarse científicas. Por otro lado, la centrada en los autores considera a los blogs científicos como aquellos publicados por miembros de la comunidad científica con cierto grado de competencia. Se ha incluir un breve perfil académico, la identidad y la afiliación institucional.

La aproximación temática no es muy operativa porque existen muchos blogs donde se tratan diversos temas incluidos el científico (p.ej.: un blog que contenga temas personales y temas científicos). En cuanto a la aproximación centrada en la autoria, no basta solo con ser un miembro de la comunidad científica (becarios de investigación, profesores universitarios, periodistas científicos, investigadores, etc.) sino que los contenidos se han de tener en cuenta, es decir, que versen y se limiten exclusivamente a la actividad científica que se desempeña.

Colectores de post científicos.
No obstante, a falta de una definición clara y consensuada sobre el concepto de blogs científicos, existen diversas iniciativas que pueden recogen y reconocer a todos aquellos post (entradas) y/o blogs que versen sobre ciencia. Ya que existen muchos blogs que combinan temas personales con otros puramente científicos.

Entre algunas de estas iniciativas tenemos:

• ResearchBlogging

Es un sistema que identifica los mejores post sobre investigación que se publican en blogs. Para ello se necesita tener al menos un post que cumpla con unos requisitos muy básicos (sistema de lineamiento). Si es así, te proporcionan un código que has de poner en tu post, para que posteriormente el sistema agregador de Reserach Blogging lo encuentre y lo publique en su página, donde lo pueden ver miles de lectores. Existe una comunidad hispana de esta iniciativa.

• ScienceBlogs

Es una iniciativa creada por Seed Media Group que proporciona información, foros, recursos y productos relacionados con la ciencia. Agrupa los post de los blogs por temáticas: biología, física, humanidades, etc. Para inscribirte has de ponerte en contacto con ellos via e-mail. Según su propia definición: proporciona a los bloggers la libertad de ejercer su propia editorial y su instinto creativo.

• Scientificblogging y Madri+d.
  

Son iniciativas que te proporcionan un espacio similar a un blog donde puedes escribir sobre ciencia. Posteriormente esos post se colectan y son agrupados por categorías.

Existen otras iniciativas (NatureNetwork, BMJblogs, PLoSblogs) algunas vinculadas a revistas científicas, que permiten publicar post científicos, además de ofrecer otros recursos (creación de foros, grupos, etc.). En este sentido es destacable que la revista Nature presenta en cada número un pequeño apartado titulado “From the Blogosphere” que subraya algunos post (de los blogs de NatureNetwork) que considera de interés, para que los científicos actúen como autores y revisores (peer-reviewers).

Porque son importantes los blogs científicos.
Existen diversos argumentos que resaltan la importancia de los blogs científicos:

1. Permiten discusiones sobre cuestiones científicas. Ofrecen un foro para una discusión amplia y mas continuada posibilitando un feedback en el que se corrigen errores, se amplía información o bien se matizan malentendidos. Esto complementa el sistema existente de revisión por pares (peer-review) en las revistas científicas.
2. Permiten publicar resultados de la investigación sin intermediarios y adelantar artículos que estén aceptados en revistas científicas.
3. Actuan como tablón de anuncios que contribuye con la divulgación de la actividad investigadora, aumentando la visibilidad y el impacto de los contenidos.
4. Sirven como repositorio personal o de un grupo a disposición de toda la comunidad científica.
5. Proporcionan un marco para el acercamiento de la ciencia al público en general. Los blogs científicos ofrecen una oportunidad para una comunicación entre científicos y público, donde los primeros aportan una opinión bien documentada sobre un tema y se facilita la interacción con el público. El blog científico se convierte en una traducción del lenguaje científico a un lenguaje ordinario convirtiendo la actividad investigadora en algo más cercano socialmente.
6. Sirven como medio de difusión selectiva de la información. Muchos post se dedican a comentar, analizar, y difundir textos científicos. Es decir, los propios científicos desinteresadamente recomiendan los textos que han considerado mas importantes.
   

Recursos y bibliografía:
Bonetta, L. (2007). Scientists Enter the Blogosphere. Cell, 129 (3): 443–445. doi: 10.1016/j.cell.2007.04.032

Butler, D. (2005). Science in the web age: Joint efforts. Nature, 438 (7068): 548–549. doi: 10.1038/438548a

Cabezas-Clavijo, A.; Torres-Salinas, D. & Delgado-López-Cózar, E. (2009). Ciencia 2.0: catálogo de herramientas e implicaciones para la actividad investigadora. El Profesional de la Informacion, 18 (1): 72–79. doi: 10.3145/epi.2009.ene.10

GrrlScientist (2008). How Many (Science) Blogs Are There?. Consultado en línea [26 Agosto 2009]

Jones, S. & Fox, S. (2009). Generations Online in 2009. Consultado en línea [26 Agosto 2009]

Nature Editorial (2009). It's good to blog. Nature, 457 (7233):1058. doi: 10.1038/4571058a

Technorati (2008). State of the blogosphera 2008. Consultado en línea [26 Agosto 2009]

Torres-Salinas, D. & Cabezas-Clavijo, A. (2008). Los blogs como nuevo medio de comunicación científica. In: J.A. Frías Montoya; C. Travieso Rodríguez &, (Ed.). III Encuentro Ibérico de Docentes e Investigadores en Información y Documentación.Salamanca. 773–784.enlace al documento

Cosas diferentes con R.

Buscando herramientas de la llamada web 2.0 aplicadas a la ciencia (Ciencia 2.0) hemos encontrado una manera elegante de acceder a los contenidos de cualquier sitio web mediante la creación de un archivo html con una nubes de etiquetas en Flash. Hasta ahí todo normal, pero lo interesante es que se ha hecho con el programa R, lo cual nos convence mas de la gran capacidad y versatilidad del mismo. Gracias al trabajo de Y. Xie, T. Wei y Y. Qui, que han desarrollado un paquete (fun) para R que permite realizar esta y otras acciones.

Para hacer esta nube de etiquetas podemos seguir las instrucciones que muestra Yihui Xie en su blog, que se resumen en unos pasos muy sencillos:

1. Cargar en R el paquete fun

2. Tener preparado un archivo de datos con las etiquetas de los enlaces que queremos. Este archivo ha de tener al menos 3 columnas: tag (nombre de la etiqueta), link (enlace a la etiqueta) y count (numero de veces que aparece la etiqueta). Además se pueden añadir dos columnas mas: color y hicolor, que son el color que mostraran las etiquetas y el color que tomarán cuando las señalemos, respectivamente.

3. Ejecutar la función tagCloud ( ) con los parámetros que nosotros definamos: nombre del archivo de salida, dimensiones, color de fondo, etc. En este sentido es importante atender a la opción target nos permite decidir si cuando pinchamos sobre una etiqueta se abre en una pestaña nueva del explorador (para ello especificar target="_blank"). No obstante para conocer todas las opciones de la nube de etiquetas a crear, podemos consultar la ayuda de la función: ?tagCloud

4. Una vez creado el archivo html hemos he abrirlo con un editor (ej.: Notepad++) y añadirle la siguiente línea, en cualquier parte de la etiqueta script, es decir entre <*script> y <*/script>.
so.addParam("allowScriptAccess", "always");

Nosotros lo hemos utilizado para crear una puerta de acceso mas amena a los diferentes ámbitos temáticos del programa de seguimiento del Observatorio de Cambio Global en Sierra Nevada, y aunque no es definitvo, puede ser una forma elegante y diferente de acceder a los contenidos. Para ver el ejemplo seguir este enlace.

Os dejamos el código utilizado y el archivo de datos. Para mas información sobre el funcionamiento del paquete fun, consultar:

Yihui Xie, Taiyun Wei and Yixuan Qiu (2009). fun: Use R for Fun. R package version 0.1-0/r14. http://R-Forge.R-project.org/projects/fun/

Riego tras la plantación, grafica con R.

Preparándo un poster sobre los trabajos de restauración de una planta amenazada (Arenaria delaguardiae), que vamos a presentar al próximo congreso de Biología de la Conservación de Plantas, organizado por la Sociedad Española de Biología de la Conservación de Plantas y que se celebrará en Septiembre en Almería; se nos ha ocurrido una forma gráfica de mostrar los días en los que se realizaron los riegos tras la plantación de ejemplares de esta especie en campo.

En las restauraciones de la cubierta vegetal, después de una plantación se aconseja realizar riegos de apoyo que minimicen la pérdida de ejemplares y se disminuyan las marras, pero encontrando un equilibrio que evite que las plantas introducidas dependan de éstos riegos, y sobreviva sin necesidad de apoyo continuado (que es el objetivo). La cantidad de riegos a realizar depende de muchos factores: el microclima de la zona, la orientación, la pendiente, la comunidad vegetal, el trascurso del año hidrológico, etc.

En este caso concreto se atendieron a algunos de esos factores, especialmente la climatología del año (2008) y se realizaron riegos en los cuales se disminuyó progresivamente la cantidad de agua aportada por planta. En la siguiente gráfica se muestran los días en los que se realizaron los riegos, además se acompañan de las medias mensuales del periodo 2001-2008 (con la desviación estandar) y la precipitación del año 2008.


Hemos querido trabajar con el programa R. Gracias especialmente al empeño y ánimo de L. Cayuela, vamos poco a poco manejándonos con el programa y realizando los análisis estadísticos y las gráficas que mas nos interesan. En este sentido vale la pena visitar su blog en el que se aportan unos manuales bastante sencillos y claros para trabajar con R.

Esta gráfica es una primera aproximación. Queremos añadir datos históricos con mayor rango (mas años) y de mas estaciones (se ha realizado con datos de la estación mas cercana: estación agroclimática de Padul). No obstante nos parece una forma diferente de expresar los criterios seguidos a la hora de la realización de los riegos.

Os adjunto el código en R que he utilizado para crear la gráfica asi como los datos utilizados.

¿Inevitable?

Este fin de semana he estado en Almedinilla, un pueblo del sur de Córdoba, en las Subbéticas cordobesas. En la carretera me encontre con un ejemplar muerto de garduña (Martes foina) y me he parado ha pensar en los efectos del hombre en la naturaleza. Indagando un poco en el tema de fauna e infraestructuras he encontrado algunos documentos que arrojan cifras escalofriantes. Un informe de la Comisión Europea (COST 341) de diciembre 2002 sobre el impacto de las carreteras en España estimaba en 10 millones de ejemplares anuales los vertebrados víctimas de atropello en carreteras. El Ministerio de Medio Ambiente, Rural y Marino tiene en su web unos documentos técnicos sobre construcción de pasos de fauna.

Ejemplar de Garduña atropellado

Se supone que la solución para evitar que los animales invadan las carreteras es construir pasos de fauna, de tal forma se evitarían las muertes de éstos y las accidentes de tráfico que éstos causan (Según la DGT en 2008 hubo 12.387 accidentes causados por animales sueltos), pero se me antoja pensar que cuando se construyen nuevas infraestructuras el peso de la protección medioambiental, y en este caso la construcción de pasos de fauna importan mas bien poco. Si parece tener mas peso otras cuestiones antropico-centradas en el hombre: buenas comunicaciones cueste lo que cueste, grandes vias que te permitan llegar en 1 minuto de tu casa a donde te propongas, etc, etc. La solución aun compleja creo que pasa por una reflexión sencilla: mejorar las infraestructuras si, pero intentanto ejecutar el mínimo impacto.

En una experiencia personal de trabajo tuve la oportunidad de trabajar con un caso de fauna y pasos para esta. Se trata de una carretera que se construyó en la zona noreste de Almería. En dicho proyecto la carretera pasaba por una zona LIC, y se habían destinado muchos euros a la protección ambiental (en teoría, porque solo estaba reflejado en el proyecto). Entre las medidas se habian propuesto la creación de pasos para la tortuga mora (Testudo graeca) que está catalogada como "En peligro de Extinción"; aparte de estudios previos de densidad, valoración de las comunidades, etc. Pero como todo, quedo en papel mojado. Un compañero (Curro C.) y yo, realizamos un informe sobre densidad de tortugas en la zona que entre otras cosas contaba con propuestas de actuaciones. Recuperamos dos ejemplares de tortuga mora y "quitaros rápido que pasamos con el buldozer" (palabras del Sr. Ingeniero), y ahí finalizó toda la medida de recuperación ambiental de la tortuga en el proyecto, que por cierto contaba con una partida presupuestaria bastante alta.
En definitiva, ¿es inevitable que se siga produciendo este tipo de situaciones? Pues me atrevo a pensar que si se ejecutaran las infraestructuras desde otra óptica, serían mas evitables y se reducirían los impactos. Porque existen soluciones pero rara vez se aplican de forma sistemática en España.

Versión 1.0 del Manual de Refbase

Avanzando, a tropezones, pero avanzando. Tras la actualización y algunos ajustes del gestor bibliográfico que utilizamos en el Laboratorio de Ecología del CEAMA y en el proyecto del Observatorio de Cambio Global en Sierra Nevada, el manual de uso se está completando y ya tenemos una primera versión (v.1.0).

Para consultarlo os dejo el enlace a una página que hemos creado dentro de la wiki del proyecto donde hemos colgado todos los documentos pdf.

Espero sea útil y se utilice. Os animo a que vayais introduciendo referencias, para que así nos beneficiemos todos.