Cosas que hacen que la vida valga la pena

Con el título basta.

Lo importante

Sencillamente ...
Lo importante

Búsqueda simple en refBase

Retomamos de nuevo el pequeño manual de refbase. En este caso aportamos un documento para poder controlar mejor los criterios de búsqueda. Se trata de la búsqueda simple. Es una opción con   limitaciones (no se pueden hacer combinaciones de búsquedas muy complejas) pero nos permite rapidez y aplicacion de filtros que afinen nuestra búsqueda. 

Manual de búsqueda simple en refbase

En esta nueva entrada os aporto la información en formato pdf y de esta forma voy probando como funcionan otras herramientas. 

Sin tiempo

Esta frase es muy común, no llama la atención, y no es literariamente digna de premio nobel. Sin embargo a menudo sufrimos sus efectos, a saber: estamos cansados, nuestro saco de propósitos saturado, la lengua fuera para llegar a casi todo... y muchos otros que cada uno puede añadir (seguro que sacariamos una lista interminable). 

La cosa es que la filosofía es un buen bálsamo (gracias Curro Cabezas) y a veces necesitamos parar un poco o bajar el ritmo ( ... siento que la vida va tan deprisa); ver lo que nos rodea, disfrutar de nuestro entorno (biótico y abiótico); saborear las cosas: esto nos gusta, esto esta amargo, descafeinado, esto es delicioso...; y algo importante: pensar, reflexionar, aprender, cultivarnos...; y todo para ver que pasos estamos dando y sobre todo donde queremos caminar. 

Bueno todo este potaje viene porque hoy el cafe parece que tenía una sustancia que hacia tiempo que no saboreaba: reflexinol. Y me ha permitido tener, mientras cocinaba potitos para mi pequeña (no veas que rico el cordero) un momento de esos que saben a gloria. 

Y nada más... lo lanzo para compartir que a veces vamos muy deprisa y necesitamos reflexinol (también me han dicho que esta sustancia se transforma en palabras de personas o algo así, gracias a aquellos que disfrutais de esa capacidad) para no descarriarnos de nuestros sueños. 

... Y bueno me marcho porque la olla a presión está pitando (la última tanda de potitos es de pollo y pavo) y eso significa que no llego (... otra vez sin tiempo). 

Metadatos en ecología

Desde el Laboratorio de Ecología del Centro Andaluz de Medio Ambiente (CEAMA) estamos trabajando en la puesta en marcha de un repositorio de información. Una de las tareas que estamos llevando a cabo es la creación de un repositorio de metadatos.

En esta sección vamos a abordar el concepto de metadatos y su aplicación en ecología. Iremos añadiendo entradas con los avances que vayamos dando.

En este empeño hay implicados varias personas, pero quisiera destacar al señor Curro Bonet, que aparte de ser la cabeza pensante en todo este embrollo, nos empuja y nos da animo a la hora de que los demás aprendamos.

Metadatos en ecología (I). Introducción y conceptos

Introducción

Concepto de Metadatos e importancia
Cuando hablamos de metadatos nos referimos a la información acerca de los datos. Consiste en una información de nivel superior que describe el contenido, calidad, estructura y accesibilidad de un conjunto específico de datos (Micherner et al, 1997). De una forma sencilla, si tenemos un conjunto de datos, los metadatos corresponden a la información que nos describe quién, qué, cuándo, dónde y por qué de ese conjunto de datos'.Es decir, nos informan sobre el contexto en el que se tomaron los datos, los protocolos utilizados, la estructura y el formato que presentan; proporcionando de esta forma lo necesario para una correcta interpretación de los datos.

En ecología, al igual que en otras disciplinas científicas, los datos presentan una tendencia natural de degradación con el tiempo respecto al contenido de información, es lo que se conoce como entropía de la información. Por otro lado, los datos ecológicos presentan unas características que hacen de los metadatos una necesidad para un manejo eficiente de la información. Entre estas características destacamos:

• Heterogeneidad. Existe un amplio abanico de estudios muy diferentes dentro de la disciplina ecológica (biodiversidad, restauración vegetal, ciclos biogeoquímicos, etc.) lo cual se traduce en un conjunto de datos con formatos muy heterogéneos que reflejan los motivos de la colecta de datos (Fegraus et al, 2005).
  

• Diferentes escalas. Dentro de los estudios ecológicos se atiende a diferentes escalas temporales, geográficas y taxonómicas.

• Dispersión de los datos. Existe, al igual que en otras disciplinas, una dispersión de datos en diferentes centros de investigación.

Entropía de la información

Los científicos han reconocido la importancia de documentar sus datos, y en ecología la utilización de metadatos aporta una serie de beneficios que fundamentan el uso de estos:

• Reducen la entropía de la información.
• Aumentan la longevidad de los datos.
• Facilitan la reutilización de los datos y el intercambio entre científicos.
• Facilitan las síntesis basadas en amplios datos (diferentes escalas) y los meta-análisis.
• Permiten la generación de repositorios de información.
• Capacitan el uso de aplicaciones analíticas avanzadas (p.ej. integración de datos, flujos de trabajo) y la interoperabilidad entre diferentes sistemas.
• En definitiva, el uso de metadatos aumenta la potencialidad de los datos.
  

Estándares de metadatos
Existen diferentes esquemas o estándares de metadatos que establecen una serie de criterios fijos para la descripción de los datos. Estos estándares o modelos de metadatos varían en función del propósito y de la disciplina científica: biodiversidad (TDWG, Biodiversity Information Standart), información geográfica (Content Standards for Digital Geospatial Metadata, U.S. Federal Geographic Data Committee; normas ISO 19115), entre otros.

EML: Estandar de Metadatos en Ecología
En ecología se ha desarrollado un estándar de metadatos (basado en los trabajos pioneros de Michener et al, 1997 y de la Ecological Society of America) conocido como EML (Ecological Metadata Language). Este estándar, mantenido por la red KBN (Knowledge Network for Biocomplexity), consiste en un lenguaje común implementado en XML que permite describir, archivar y transportar datos. Presenta una estructura modular, donde cada uno de los módulos esta diseñado para describir una parte lógica del total de los metadatos que deben ser incluidos en un conjunto de datos ecológicos. Entre sus características destacan su carácter flexible y extensible, además de que incluye diferentes elementos de otros estándares, tales como: Dublin Core; Perfil de Datos Biológicos (BDP) del FGDC; ISO 19115; Darwin Core; Geography Markup Language (GML), lo cual le permite cierta interoperabilidad con estos estándares.

Existen diversas herramientas para la creación de metadatos siguiendo el estándar EML, entre ellas: Morpho y MetadataEditor (esta última desarrollada para los sitios LTER). En próximas entradas profundizaremos en estas herramientas.

Bibliografía
Alonso, B. & Valladares, F. (2006). Bases de datos y metadatos en ecología: compartir para investigar en cambio global. ''Ecosistemas'', 15 (2): 83–88.

Cook, R.B., Olson, R.J., Kanciruk, P. & Hook, L.A. (2001). Best Practices for Preparing Ecological Data Sets to Share and Archive. ''Bulletin of the Ecological Society of America'', 82 (2):138–141.
Fegraus, E.H., Andelman, S., Jones, M.B. & Schildhauer, M., (2005). Maximizing the Value of Ecological Data with Structured Metadata: An Introduction to Ecological Metadata Language (EML) and Principles for Metadata Creation. ''Bulletin of the Ecological Society of America'', 86 (3): 158–168
Jones, M.B., Berkley, C., Bojilova, J. & Schildhauer, M. (2001). Managing scientific metadata. ''Internet Computing IEEE'', 5 (5): 59–68.
Jones, M.B., Schildhauer, M.P., Reichman, O.J. & Bowers, S. (2006). The New Bioinformatics: Integrating Ecological Data from the Gene to the Biosphere. ''Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics'', 37 (1): 519–544
Michener, W.K., Brunt, J.W., Helly, J.J., Kirchner, T.B. & Stafford, S.G. (1997). Nongeospatial metadata for the ecological sciences. ''Ecological Applications'', 7 (1):330-342

Michener, W.K. & Brunt, J.W. (Eds.) (2000). ''Ecological Data: Design, Management and Processing.'' Oxford: The seminal paper Blackwell. 180 pp.
Michener, W.K. (2006). Meta-information concepts for ecological data management. Ecological Informatics, 1 (1): 3–7.

Otros recursos ofrecidos por diferentes iniciativas:

Red Knowledge Network for Biocomplexity:

• Presentaciones sobre EML, metadatos, y editores de metadatos.
• Manual de buenas prácticas sobre EML

Red US Long Term Ecologiacal Research (LTER)
Science Environment for Ecological Knowledge (SEEK)